Ядро - это базовая часть ОС. В FreeBSD оно отвечает за управление памятью, управление сетевыми и прочими устройствами, а также многое другое.
Для чего возникает необходимость пересобрать ядро? В моей практике это было необходимо для включения поддержки некоторых сетевых карт (например Atheros), поддержки фаеволов и шейперов.
